1964年雞西煤礦衛生學校由遼寧阜新遷至雞西與干部學校及鶴崗衛生學校重組建校，學校設教務一科和二科，教務二科中設有藥劑教研組，藥劑教研組即為藥學院的前身。

1968年開始辦藥廠，1981年藥廠停辦。

1973年開始招收工農兵學員，學制2年。

1977年開始每年招生，有“小中專”和“大中專”之分。

1979年成立藥學專業科，主管藥劑專業教學和藥廠工作。下設藥劑、生藥、中草藥化學及藥物化學四個教研組。

1992年開始招收成人藥學?？?，學制3年。

1994年5月，學校升格為雞西煤炭醫學高等?？茖W校。

1994年10月成立藥學系。下設藥劑學、生藥、藥物化學與天然藥物化學和化學四個教研室，兩個實驗組。

1995年招收第一屆藥學專業（?？疲W生，同時還設有中專層次的藥劑和中藥兩個專業。

2000年9月，增設藥物制劑專業（?？疲┎⒄惺盏谝慌鷮W生，中專層次停止招生。

2001年9月，增設中藥專業（?？疲┎⒄惺盏谝粚脤W生。

2001年9月開辦醫藥營銷專業，并招收第一屆?？茖W生。

截止2003年藥學系從小中專到大中專再到?？妻k學層次發生了巨大的變化，設有藥學、中藥學、藥物制劑、醫藥營銷四個?？茖哟?。

2004年9月，藥學系隨學校遷到大慶市，遷入新落成的藥學樓。

2005年獲批第一個中藥學本科專業當年招生42人。

2007年醫藥營銷專業分到人文社科系開設。

2009年碩士開始招生。第一批碩士招生一人，招生方向：藥劑學。

2009年9月藥物制劑本科開始招生。

碩導招生增至兩個方向：藥物化學方向

2011年5月藥學系升為藥學院。

2014年9月新專業藥物分析本科開始招生。